中国百种杰出学术期刊，是科学技术部下属的中国科学技术信息研究所，自1999年开始设立的一个研究项目，以中国科技信息研究所每年出版的《中国科技期刊引证报告》定期公布的中国科技论文与引文数据库收录的中国科技论文源期刊（科技核心期刊）的20多个科学计量指标为基础研发的，名单涵盖中国大陆出版的全部中英文科学技术类期刊（不包括中国人在海外出版的）。2002年公布了第一届中国百种杰出学术期刊名单，之后每年评估更新一次。
    2002年、2004年、2006年、2007年、2008年和2012年，《西安交通大学学报》(自然科学版)先后荣获“百种中国杰出学术期刊”称号。
    这一荣誉的获得，说明《西安交通大学学报》的学术水平得到了社会的普遍认可，为进一步落实“出精品、创名牌，办一流学报，争时效、促交流，举科技人才”的办刊宗旨奠定了良好的基础。同时，我们也看到，自中国百种杰出学术期刊公布以来，《西安交通大学学报》进进出出，并不稳定，特别是自2008年以后，2012年再次入选，时隔三年。这三年里有评价指标的问题、有社会浮躁的影响，但主要还是学报的办刊环境恶化、学术影响力提升缓慢。
    在新的形势面前，《西安交通大学学报》(自然科学版)的编辑们不安于现状、不抱怨、不折腾，端正办刊理念、明确学报定位。他们在坚持以往“出精品、创名牌，办一流学报；争时效、促交流，举科技人才”办刊目标的同时，及时总结办刊经验的基础上，又提出了“搭建交流平台，倡导严谨学风，当好科研助手，引领发展方向”的办刊理念，努力将学报工作融入学校的科研工作之中，为学校创办世界 知名高水平大学做出更大的贡献。